Biyodizel üretim maliyeti yüksek olan bir yakıttır. Yağlı bitki tohumundan üretim yapan tesislerde biyodizel maliyetindeki en büyük pay tohumuna aittir. Atık yağı hammadde olarak kullanan işletmelerde üretim maliyeti göreceli olarak daha azdır.

Üretim maliyetini düşüren unsurlar üretim sırasında elde edilen yan ürünlerin (küspe ve gliserin) değerlendirilmesidir. Özellikle gliserin biyodizel üretim maliyetini belirleyen ve tesisin mali faydasını direkt etkileyen bir yan üründür. Gliserinin saflaştırılarak pazarlanması işletmenin kar marjını artırır. Ayrıca saflaştırma sırasında elde edilen gübrenin de ekonomik değeri vardır.

ABD'de biyodizel galon satış fiyatı 2 $, Finlandiya'da 0,025 Euro/litre, Fransa'da 0,3 Euro (2 FF) olup, bu fiyatın 2005 yılında 0,15 Euro değerine indirilmesi planlanmıştır.

Pazarı Etkileyen Faktörler

Biyodizel pazarını etkileyen en önemli faktör biyodizel üretim maliyetinin yüksek olmasıdır.

Gelişmiş ülkelerin pek çoğunda vergi indirimleriyle kullanımı ve üretimi teşvik edilen biyodizel çevre bilinci gelişmiş ülkelerde teşviksiz de kullanılabilmektedir. Amerika'nın bazı eyaletlerinde fiyatının dizele göre pahalı olmasına rağmen bilinçli tüketici tarafından kullanılmaktadır.

Ancak Türkiye gelişmekte olan bir ülkedir ve ekonomik sorunlarını çözümlememiş bir ülkedir. Bu nedenle Türkiye'de biyodizel ancak dizel yakıtından daha düşük fiyata satılması durumunda yakıt piyasasında kendine yer bulabilir ve kullanımı yaygınlaşabilir. Bunun yanısıra ısıl performansının dizel yakıta nazaran daha düşük olması nedeniyle tüketici haklarının korunarak biyodizel birim fiyatının dizel birim fiyatına nazaran en az % 8.2 oranında daha düşük olarak satılması gereklidir. Bu oranının üzerindeki değerler biyodizel kullanımı teşvik eden değerlerdir.

Ülkemizde 5015 Sayılı Petrol Piyasası Yasası ile biyodizel Özel Tüketim Vergisi (ÖTV)'den muaftır.

Biyodizel birim üretim maliyetinde belirleyici bir faktör yan ürün olarak elde edilen gliserinin ekonomik olarak değerlendirilmesidir. Yan ürün olarak elde edilen gliserin sabun ve kozmetik sanayiinde değerlendirlebildiği gibi saflaştırılarak ilaç sektöründe de kullanılabilmektedir. Ülkedeki gliserin fiyatının yarıya düşmesi nedeniyle ekonomikliğini yitiren ve kapatılan biyodizel tesislerinin mevcudiyeti bilinmektedir.